Übersicht
Pressemitteilung - [ 16.07.2009 ]
|
| Bessere Daten für biochemische Reaktionen |
Wie Systembiologen die Datenflut bewältigen – EML Research lud ein zum internationalen Nutzertreffen von SABIO-RK, einer Datenbank zur Kinetik biochemischer Reaktionen -Universität Heidelberg ist „Power User“ - Mehr Informationen zum Treffen hier.
Heidelberg. Die Zelle als kleinste Einheit des Lebens ist ein Energiezentrum, in dem ständig chemische Reaktionen ablaufen. Die moderne Systembiologie will die Zelle in der Gesamtheit ihrer komplexen und dynamischen Abläufe verstehen und abbilden. Sie braucht deshalb dringend ablaufsbezogene, also kinetische Informationen der biochemischen Reaktionen. Entscheidend ist dabei, dass die Systembiologen die immense Fülle der experimentell gewonnenen Daten intuitiv nutzen können.
SABIO-RK, eine der wenigen Datenbanken mit Informationen zur Reaktionskinetik, wurde unter der Leitung von Dr. Isabel Rojas in Heidelberg an der EML Research entwickelt, dem Forschungsinstitut der Klaus Tschira Stiftung. Die Datenbank hat Nutzer und Partner in der ganzen Welt. Sie trafen sich jetzt im Studio der Villa Bosch zum „SABIO-RK User Meeting“.
Die Motivation für das Treffen fasste Priv.-Doz. Dr. Wolfgang Müller (EML Research) zusammen: „Die Systembiologie braucht präzise Daten, sie braucht auch Daten aus früheren, nur gedruckt vorliegenden Publikationen, und sie braucht die Daten aus einer Hand.“
Das unterstrich auch Prof. Dr. Ursula Kummer (Universität Heidelberg, Bioquant) in ihrem Vortrag über „SYCAMORE“, ein Werkzeug für die Systembiologie. Das Besondere daran ist, dass es nicht nur Rechenmethoden zur Verfügung stellt, sondern auch dem Biowissenschaftler dabei hilft, die richtige Methode auszuwählen. „Auch Wissenschaftler, die keine Experten in theoretischer Biochemie sind, finden so einen Zugang zu rechnerischen Methoden“, so Ursula Kummer. Um möglichst viele präzise kinetische Daten zu bekommen, ist „SYCAMORE“ direkt mit SABIO-RK verknüpft. Die Universität Heidelberg arbeitet auf diesem Gebiet eng mit den EML Research-Forschern zusammen. Prof. Kummer und ihre Gruppe sind von Anfang an „Power User“ der Datenbank, das heißt, sie können auftretende Probleme schnell und direkt melden und mit Verbesserungsvorschlägen die Weiterentwicklung von SABIO-RK beeinflussen.
Weitere hochkarätige Referenten waren Dr. Akira Funahashi von der Keio University in Japan oder Dr. Peter Li von der University Manchester. Dr. Hanan Messiha, ebenfalls University Manchester, stellte in ihrem Beitrag fest, dass „SABIO-RK für uns der ideale Ort für die Speicherung von Parametern zur Kinetik von Enzymen ist.“
Den größten Teil des Treffens nahmen jedoch die Tutorials ein, in denen die „Macher“ von SABIO-RK die verschiedenen Arbeitsprozesse gemeinsam mit den Teilnehmern durcharbeiteten: von der Dateneingabe über die Korrektur („biocuration“) und Annotation bis hin zum Datenexport für Simulationen und zu webbasierten Diensten.
Die Arbeit der „Biokuratoren“ ist dabei von besonderer Bedeutung. Sie bringen die Daten aus den verschiedenen Quellen „in Form“, dass heißt, sie prüfen sie genau, integrieren sie in die Datenbanken, und machen sie schließlich leicht zugänglich. „Biokuratoren“ stellen der wissenschaftlichen Gemeinschaft wichtige Ressourcen zur Verfügung – wie Bibliothekare in der riesigen Bibliothek des Lebens.
Die Resonanz der Teilnehmer war durchweg positiv: „Obwohl ich ein „Power User“ bin, konnte ich hier viel Neues über SABIO-RK und die Eingabe-Schnittstellen lernen“, sagte Matthias König von der Humboldt-Universität Berlin.
Und Paula de Matos vom European Bioinformatics Institute in britischen Cambridge ermutigte die Veranstalter: “Sie sollten auch weiterhin so präzise die Biocuration durchführen, Sie machen einen großartigen Job.”
Den Nutzer und seine Bedürfnisse in den Mittelpunkt der Forschung und der Softwareentwicklung zu stellen, ist eines der wichtigsten Ziele der EML Research und ihres Gründers Klaus Tschira. Für die Entwicklung von SABIO-RK bedeutet das regelmäßige Veranstaltungen für die Wissenschaftler, die die Datenbank aktiv nutzen.
Weitere Informationen:
Wissenschaftlicher Kontakt:
Dr. Ulrike Wittig
[email protected]
www.eml-research.de
Pressekontakt:
Dr. Peter Saueressig
[email protected]
www.eml-research.de
SABIO-RK:
Die Datenbank SABIO-RK (System for the Analysis of BIOchemical pathways- Reaction Kinetics) enthält Informationen über die kinetischen Eigenschaften von biochemischen Reaktionen. SABIO-RK ist die erste Datenbank weltweit, die auch die Formeln zu kinetischen Gesetzen speichert. Kinetische Gesetze sind eine wichtige Voraussetzung, um Computersimulationen durchführen zu können. Außerdem bietet EML Research die Informationssuche und den Datenexport im SBML-Format an, der Standardcomputersprache für die Systembiologie. Die Datenbank liefert damit eine Basis für Simulationen unter verschiedenen Bedingungen.
Sie ist web-basiert und steht allen Wissenschaftlern, die mit Enzymen und Reaktionen arbeiten, zur Verfügung. Bisher wurden mehr als 2100 Artikel ausgewertet, davon enthielten rund 50 Prozent wichtige kinetische Daten, die in jetzt ca. 24000 Einträgen zu über 3400 Reaktionen in der Datenbank gespeichert sind. Langfristig soll SABIO-RK zu einer Enzyklopädie für Reaktionskinetik werden und auch auf ausgefallene Fragestellungen flexibel reagieren können.
SABIO-RK ist ein Projekt der EML Research und wird hauptsächlich von der Klaus Tschira Stiftung unterstützt. Es wird zusätzlich auch innerhalb des SYCAMORE-Projekts vom Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF) gefördert.
Die EML Research gGmbH (www.eml-research.de)
ist ein privates Forschungsinstitut für Grundlagenforschung in der
angewandten Informatik. Ein Hauptschwerpunkt der Forschung liegt in der
Bioinformatik. Die Forscher arbeiten eng mit Universitäten zusammen.
Die EML Research gGmbH bearbeitet hauptsächlich Forschungsprojekte der
Klaus Tschira Stiftung gGmbH (KTS) (www.kts.villa-bosch.de).
EML Research ist Partner des ersten deutschen Zentrums für Modellierung
und Simulations in den Biowissenschaften (BIOMS), Heidelberg (www.bioms.de). |
Dr. Peter Saueressig
EML Research gGmbH
Schloss-Wolfsbrunnenweg 33
69118 Heidelberg
Telefon: +49 (0)6221 - 533 - 245
Fax: +49 (0)6221 - 533 - 198
Email: [email protected]
|
| |
|
|
