Heidelberg/Blacksburg. Die Forschungsinstitute EML Research, Heidelberg, und Virginia Bioinformatics Institute (VBI) at Virginia Tech, USA, haben jetzt offiziell die Simulationssoftware COPASI veröffentlicht.
COPASI (COmplex PAthway SImulator) integriert eine Vielzahl von Methoden zur Simulation und Analyse und leistet damit weit mehr als bisher verfügbare Programme. Die Software versetzt Forscher in die Lage zu untersuchen, wie die komplexen Stoffwechselvorgänge in der Zelle funktionieren. Dazu können sie biochemische Modelle erstellen, experimentelle Ergebnisse in der Simulation nachvollziehen und die Gültigkeit des gewählten Modells überprüfen. COPASI unterstützt die Systembiologie-Standardsprache SBML (Systems Biology Markup Language).
Für akademische, gemeinnützige Zwecke kann die Software von www.copasi.org heruntergeladen werden. Lizenzen für industrielle Nutzung können erworben werden.
„Simulation und Modellierung werden als Werkzeuge in der Systembiologieforschung immer wichtiger“, so Dr. Ursula Kummer, Gruppenleiterin bei EML Research. „Damit können physikalische und chemische Beschränkungen ebenso getestet werden wie die Plausibilität vieler biochemischer Reaktionen.“
COPASI erleichtert die Modellierung, indem es dem Nutzer hilft, die Sprache der Chemie – Reaktionen – in die Sprache der Mathematik – Matrices und Differentialgleichungen – zu übertragen. Das benutzerfreundliche Interface ist mit einer Reihe von ausgeklügelten Algorithmen verknüpft, die dafür sorgen, dass die Ergebnisse schnell und akkurat ermittelt werden. COPASI simuliert die Kinetik biochemischer Reaktionen und stellt zahlreiche Werkzeuge bereit, um die Modelle den Daten anzupassen, alle Funktionen eines Modells zu optimieren und eine Kontrollanalyse des Stoffwechsels sowie eine lineare Stabilitätsanalyse vorzunehmen.
„Die erste offizielle Veröffentlichung von COPASI bedeutet einen wichtigen Meilenstein für das Vorhaben, eine umfassende Softwarelösung für Modellieren und Simulation in den Lebenswissenschaften bereit zu stellen“, erklärt Prof. Pedro Mendes, Projektleiter am VBI. „COPASI ist der Höhepunkt einer sechsjährigen Entwicklungszeit, in der wir gemeinsam daran gearbeitet haben, ein Instrument zu fertigen, das der Lebenswissenschaftler wirklich gebrauchen kann. Künftig wollen wir COPASI zu einem mächtigen Werkzeug entwickeln, das jeder Biologe nutzen kann, nicht nur Experten in Systembiologie.“
So soll COPASI auch zum besseren Verständnis beitragen, wie äußere Faktoren, beispielsweise Medikamente, die Stoffwechselsysteme beeinflussen.
Über COPASI
COPASI (Complex Pathway Simulator) ist ein Softwarepaket für die Simulation und detaillierte Analyse von biochemischen Netzwerken. Das Paket ist für die Betriebssysteme Windows, Macintosh, Linux und Solaris erhältlich. Es basiert auf der Software Gepasi, die Pedro Mendes entwickelte, und der STODE Software, die am EML Research entwickelt wurde.Hauptentwickler von COPASI sind Dr. Stefan Hoops (VBI) und Dr. Sven Sahle (EML Research) sowie Ralph Gauges (EML Research).
COPASI enthält einen Modellierungs-Editor, verschiedene Simulationstechniken (zum Beispiel deterministisch und stochastisch), Optimierungsprogramme, Sensitivitätsanalyse und benutzerfreundliche Visualisierungstechniken.
Für weitere Informationen wenden Sie sich bitte an:
Dr. Peter Saueressig
EML Research gGmbH
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