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Press Release - [ 17.05.2004 ]
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| Damit dürfen Biowissenschaftler künftig rechnen |
EML Research entwickelt mit "SYCAMORE" eine benutzerfreundliche Softwarelösung für die Systembiologie
Das wohl komplexeste System, das wir kennen, ist zugleich der
Grundbaustein unseres Lebens: die Zelle. Ohne zu verstehen, was in der
Zelle eigentlich vorgeht, können wir weder Medikamente ohne gefährliche
Nebenwirkungen entwickeln noch Pflanzen fit gegen Umweltgifte machen.
Die Untersuchung einzelner Gene oder Proteine reicht längst nicht mehr
aus - die Systembiologie will deshalb experimentelle und
computergestützte Methoden integrieren, um die Zelle als Ganzes zu
erforschen. In den letzten Jahren setzten Forscher mehr und mehr den
Computer ein, um die experimentelle Forschung zu unterstützen. Ein
großes Hindernis ist jedoch, dass die bisherigen Softwarelösungen oft
nur von Spezialisten benutzt werden können und deshalb den meisten
Wissenschaftlern im Labor nur wenig hilfreich erschienen.
Das soll
mit "SYCAMORE" anders werden, einem neuen Paket von rechnerischen
Werkzeugen und Methoden, das am EML Research in Heidelberg entwickelt
wird. Das weltweit Neue und Besondere daran ist, dass es nicht nur
Rechenmethoden zur Verfügung stellt, sondern auch dem
Biowissenschaftler dabei hilft, die richtige Methode, zum Beispiel bei
der Simulation, auszuwählen. "Auch Wissenschaftler, die keine Experten
in theoretischer Biochemie sind, finden so einen Zugang zu
rechnerischen Methoden", erläutert Projektleiterin Dr. Ursula Kummer.
Ebenso ist daran gedacht, Studierende mit "SYCAMORE" vertraut zu machen
und so die Ausbildung in der Systembiologie zu verstärken. Der Rechner
kann und soll dabei das Reagenzglas nicht ersetzen, sondern die
Experimente sinnvoll ergänzen. Ein Beispiel: Ein Wissenschaftler sucht
nach einem Hemmstoff für ein Eiweiß, das bestimmte Stoffwechselprozesse
auslöst. "SYCAMORE" zeigt ihm, ob es möglich ist, diesen Hemmstoff
rechnerisch zu bestimmen, und welcher biochemische Prozess dadurch am
stärksten gehemmt wird.
EML Research kann dabei auf die bisher
geleistete Forschungsarbeit aufbauen. Dr. Ursula Kummer und ihre Gruppe
entwickeln gemeinsam mit dem Team von Dr. Pedro Mendes (Virginia
Bioinformatics Institute, USA) das Softwarepaket COPASI entwickelt, das
biochemische Prozesse analysiert und simuliert. Die EML
Research-Forschungsgruppe von Dr. Rebecca Wade modelliert
Proteinstrukturen und simuliert die Dynamik von molekularen
Veränderungen. Diese Forschungsleistungen fließen ebenso in "SYACAMORE"
ein wie die Datenbanken von ELSA, einem elektronischen
Stoffwechselatlas, den EML Research-Wissenschaftler unter Leitung von
Dr. Isabel Rojas in den letzten Jahren aufgebaut haben.
Das Wort
"SYCAMORE" steht für "SYstems biology´s Computational Analysis and
MOdeling Research Environment". Das Projekt mit einem Gesamtvolumen von
ca. 1.5 Millionen EUR läuft drei Jahre und wird vom Bundesministerium
für Bildung und Forschung (BMBF) gefördert. Es gehört zur
BMBF-Initiative Systembiologie. In der Plattform
Modellierung/Bioinformatik arbeitet die EML Research zusammen mit
Konsortien um Prof. Hermann-Georg Holzhütter (Berlin) und Prof.
Ernst-Dieter Gilles (Max-Planck-Institut für Dynamik komplexer
technischer Systeme, Magdeburg, Koordination).
Wenn "SYCAMORE"
entwickelt ist, steht es allen Mitgliedern der
BMBF-Systembiologieinitiative zur Verfügung. Wissenschaftler an
Universitäten und Forschungsinstituten werden das Paket kostenlos
nutzen dürfen, für industrielle Anwender werden Lizenzgebühren erhoben.
Fernziele der Forschung liegen zum Beispiel darin, die Entwicklung von
Medikamenten zu unterstützen, um unerwünschte Nebenwirkungen zu
verringern.
Die EML Research gGmbH (www.eml-research.de) ist ein privates Forschungsinstitut für Grundlagenforschung in der angewandten Informatik. Ein Hauptschwerpunkt der Forschung liegt in der Bioinformatik. Die Forscher arbeiten eng mit Universitäten zusammen. Die EML Research gGmbH bearbeitet hauptsächlich Forschungsprojekte der Klaus Tschira Stiftung gGmbH (KTS) (www.kts.villa-bosch.de). EML Research ist Partner des ersten deutschen Zentrums für Modellierung und Simulations in den Biowissenschaften (BIOMS), Heidelberg (www.bioms.de).
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Für weitere Informationen wenden Sie sich bitte an:
Dr. Peter Saueressig
EML Research gGmbH
Schloss-Wolfsbrunnenweg 33
69118 Heidelberg
Phone: +49 (0)6221 - 533 - 245
Fax: +49 (0)6221 - 533 - 198
Email: [email protected]
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